Ученые в исследовательской группе для Генетики и Экспериментальной Биоинформатики во главе с профессором доктором Вольфгангом Гессом и исследовательской группе для Биоинформатики во главе с профессором доктором Рольфом Бэкофеном, членом Группы Превосходства Центр BIOSS Биологических Сигнальных Исследований, обоих из Фрайбургского университета, сотрудничали с исследовательской группой, возглавляемой профессором доктором Йоргом Фогелем из Университета Вурцбурга, чтобы сравнить регулирующие механизмы связанных бактерий. Это сравнение – основание компьютерной программы CopraRNA. CopraRNA уменьшает сложные лабораторные испытания, упрощая поиск бактериальных регуляторов.
Это было издано в научном журнале «Proceedings of the National Academy of Sciences». Понимание функций этих регулирующих молекул жизненно важно, чтобы бороться с болезнетворными микроорганизмами в медицине. Кроме того, их модификация может помочь в биотехнологических проектах.
В отличие от большинства молекул, которые управляют клеткой, регуляторы, исследованные в этом исследовании, не являются белками; они – молекулы РНК. Эти рибонуклеиновые кислоты, как ДНК, состоят из кодекса четырех nucleobases, которые формируют цепь, связанную сахарной основой фосфата. В прошлом РНК только рассматривались как рабочие копии ДНК для синтеза белка.
Молекулы РНК, изученные здесь, не производят белки, как бы то ни было. Поэтому их называют, не кодируя молекулы РНК или ncRNAs. Это было недавно обнаружено, что эти молекулы играют ключевую роль в сигнальной сети клетки – например, когда бактерия реагирует на внешние стимуляторы. Как регулятор, РНК связывает со многими различными целями в бактериальной клетке, таким образом регулируя синтез белка.
Тысячи недавно обнаруженных ncRNAs действуют как регуляторы в бактериальных клеточных системах. Исследование их функции в лаборатории требует большого усилия. Много всесторонних тестов необходимы, чтобы определить, с какими генетическими последовательностями они взаимодействуют.
Мы можем упростить этот процесс, предсказав, для каких генов эти молекулы могли бы предназначаться для активации или деактивации. Оба основаны на отдельных последовательностях ncRNA регуляторов.
Именно поэтому ученые разработали программу CopraRNA как часть совместного проекта «ebio: RNAsys – Systembiologie der RNA», который финансируется немецким Министерством образования и Исследованием. Исследователи могут теперь войти в последовательность РНК трех или больше бактериальных разновидностей на веб-сайте rna.informatik.uni-freiburg.de/CopraRNA/, чтобы приобрести информацию об их возможных функциях.
Правильно ли предсказание, должен тогда быть развит экспериментами в лаборатории.