Исследователи из Центра комплексного лечения рака Университета штата Огайо – Артур Дж. Онкологическая больница Джеймса и Ричард Дж. Научно-исследовательский институт Соловья (OSUCCC – Джеймс).
Анализ, названный OSU-SpARKFuse (Объединение действенных РНК-киназных слияний Университета штата Огайо), обнаруживает генетические изменения, называемые слияниями генов в солидных опухолях. Анализ и его валидация опубликованы в Журнале молекулярной диагностики.
Слияние генов происходит, когда части двух разных генов соединяются вместе. Слияния генов могут происходить, например, когда часть одной хромосомы прикрепляется к другой. Такая хромосома "транслокации" может соединить два гена, которые вместе становятся основным двигателем роста раковых клеток и опухолей.
Становится все более доступным таргетная терапия, блокирующая активность генов слияния, особенно тех, которые связаны с генами киназ. В то время как современные методы обнаружения слияния генов требуют предварительного знания обоих генов, участвующих в слиянии, OSU-SpARKFuse был разработан для точного обнаружения слияния, когда известен только один из генов, что позволяет открывать новые слияния генов.
"Мы разработали OSU-SpARKFuse для удовлетворения этих потребностей и выявления пациентов, которым подходят новые методы лечения, такие как ингибиторы FGFR или ингибиторы NTRK, нацеленные на слияние генов," говорит главный исследователь Самик Ройчоудхури, доктор медицинских наук, доцент отделения медицинской онкологии штата Огайо.
"Наряду с обнаружением слияния генов, OSU-SpARKFuse может обеспечивать анализ экспрессии генов, обнаруживать однонуклеотидные изменения и идентифицировать альтернативные события сплайсинга и гены устойчивости," говорит первый автор Джули Ризер, доктор философии, технический руководитель OSUCCC – Лаборатория геномики рака Джеймса.
"Кроме того, OSU-SpARKFuse не требует информации о местонахождении слияния в каждом гене. Это точный, воспроизводимый и экономичный анализ, который выявляет слияния многих генов и на небольших образцах опухолевой ткани, полученных при биопсии," Ризер добавляет.
Ройчоудхури, Ризер и их коллеги подтвердили эффективность OSU-SpARKFuse с использованием 74 положительных и 36 отрицательных контрольных образцов. Они включали 51 образец клеточной линии, 43 фиксированных формалином залитых парафином тканей и 16 свежезамороженных тканей. (Анализ нацелен на 93 гена киназ и транскрипционных факторов.)
Затем они использовали анализ для оценки статуса слияния генов в 95 образцах тканей от пациентов с распространенным раком в рамках исследования клинического секвенирования опухоли в штате Огайо (OSU-13053, NCT02090530), разработанного и проведенного Ройчоудхури.
Оценка образцов пациентов выявила новое слияние гена RET (RET-OLFM4) у пациента с раком тонкой кишки. Это также привело к открытию слияния KLK2-FGFR2 у пациента с раком простаты. Затем пациента лечили ингибитором рецептора фактора роста фибробластов.
"Использование OSU-SpARKFuse в клинических лабораториях поможет расширить базу знаний о слияниях генов в солидных опухолях и может напрямую повлиять на уход за пациентами путем обнаружения терапевтически действенных мишеней," Ройчоудхури говорит.